下载安装
下载地址http://geneious.com/download包括Windows, Mac, and Linux版本。需要Java程序的支持。
Geneious主窗口
包括四个界面，来源面板，文件列表，文件视图与帮助面板。
数据来源面板
显示了保存的文件与提供的服务。可以查看自己的文件，进入NCBI（Gene, Genome, Nucleotide, PopSet, Protein, Pubmed, SNP, Structure and Taxonomy等数据库），进入EMBL（Uniprot.数据库），共享自己的数据库（需要安装），查看同事的数据库（需要安装）。
文件列表
显示了文件夹内各种类型的文件。点击文件在下面窗口可以看到内容，对类型相似的文件可以多选，共同查看。双击可以查看具体内容。可任意排序、调整。
文件视图
可以查看序列，比对，树，3D结构，文章摘要等。
会有以上几个选项，分别是分享、分屏浏览、充满窗口、新窗口、帮助。帮助窗口
会显示实时帮助
工具条
具有许多功能，右键可以自定义功能条
文件栏
编辑栏
视图栏
工具栏
序列栏
注释、预测栏
帮助栏
导入、输出和查找
输入格式
Format
Extensions
Data types
Common sources
BED
*.bed
Annotations
UCSC
Common Assembly Format
*.caf
Contigs
Sequencher
Clustal
*.aln
Alignments
ClustalX
CSFASTA
*.csfasta
Color space FASTA
ABI SOLiD
DNAStar
*.seq, *.pro
Nucleotide & protein sequences
DNAStar
DNA Strider
*.str
Sequences
DNA Strider (Mac program), ApE
Embl/UniProt
*.embl, *.swp
Sequences
Embl, UniProt
Endnote (8.0 or 9.0) XML
*.xml
Journal article references
Endnote,Journal article websites
FASTA
*.fasta, *.fas, etc.
Sequences, alignments
PAUP*,ClustalX, BLAST, FASTA
FASTQ
*.fastq, *.fasq
Sequences with quality
Solexa/Illumina
GCG
*.seq
Sequences
GCG
GenBank
*.gb, *.xml
Nucleotide & protein sequences
GenBank
Geneious
*.xml, *.geneious
Preferences, databases
Geneious
Geneious Education
*.tutorial.zip
Tutorial, assignment etc.
Geneious
GFF
*.gff
Annotations
Sanger Artemis
MEGA
*.meg
Alignments
MEGA
Molecular structure
*.pdb, *.mol, *.xyz, *.cml,
*.gpr, *.hin, *.nwo
3D molecular structures
3D structure databases and programs
Newick
*.tre, *.tree, etc.
Phylogenetic trees
PHYLIP, Tree-Puzzle, PAUP*, ClustalX
Nexus
*.nxs, *.nex
Trees, Alignments
PAUP*, Mesquite, MrBayes & MacClade
PDB
*.pdb
3D Protein structures
SP3, SP2, SPARKS, Protein Data Bank
Documents, presentations
Adobe Writer, LATEX, Miktex
Phrap ACE
*.ace
Contig assemblies
Phrap/Consed
PileUp
*.msf
Alignments
pileup (gcg)
PIR/NBRF
*.pir
Sequences, alignments
NBRF PIR
Qual
*.qual
Quality file
Associated with a FASTA file
Raw sequence text
*.seq
Sequences
Any file that contains only a sequence
Rich Sequence Format
*.rsf
Sequences, alignments
GCGs NetFetch
Comma/Tab Separated Values
*.csv, *.tsv
Spreadsheet files
Microsoft Excel
SAM/BAM
*.sam, *.bam
Contigs
SAMtools
Sequence Chromatograms
*.ab1, *.scf
Raw sequencing trace & sequence
Sequencing machines
VCF
*.VCF
Annotations
1000 Genomes Project
Vector NTI sequence
*.gb, *.gp
Nucleotide & protein sequences
Vector NTI
Vector NTI/AlignX alignment
*.apr
Alignments
Vector NTI, AlignX
Vector NTI Archive
*.ma4, *.pa4, *.oa4,
Nucleotide & protein sequences,
*.ea4, *.ca6
enzyme sets and publications
Vector NTI
Vector NTI/ContigExpress
*.cep
Nucleotide sequence assemblies
Vector NTI
Vector NTI database
VNTI Database
Nucleotide & protein sequences,
enzyme sets and publications
Vector NTI
从公共数据库导入数据
输出格式有很多
Data type
Export format options
DNA sequence
FASTA, Genbank XML, Genbank flat, Geneious
Amino acid sequence
FASTA, Genbank XML, Genbank flat, Geneious
Chromatogram sequence
ABI, Geneious
Sequence with quality
FastQ, Qual, Geneious
Annotation
GFF, BED, Geneious
Multiple sequence alignment
Phylip, FASTA, NEXUS, MEGA, Geneious
Assembly
Phrap ACE, Geneious, SAM/BAM
Phylogenetic tree
Phylip, FASTA, NEXUS, Newick, MEGA, Geneious
PDF document
PDF, Geneious
Publication
EndNote 8.0, Geneious
Graphs
CSV, WIG
Document Properties
CSV, TSV, Geneious
文件种类包括序列文件、引物文件、酶文件、染色体文件、contig、蛋白序列、发育树、3D结构、序列比对文件、文章、pdf、其他
可以搜索和过滤文件
创建、查看和编辑序列
序列视图
基因组视图
侧控制栏：普通、图像、表格、注释、实时注释和预测、限制性分析、其他、统计
改变碱基颜色、各种显示效果
显示核酸、互补链、翻译，可选密码子与蛋白质颜色
可以显示限制性酶切位点
实时统计所选区域的碱基、氨基酸、密码子使用等情况
抬头栏：序列视图、注释、点阵图、文本总结、信息
DNA、RNA、蛋白质结构查看
可以查看RNA、DNA结构
可以查看蛋白质结构
利用注释工作
可以查看，个性化风格、导出表格、
编辑注释
提取注释
导入注释
序列比对
可进行双序列、多序列、基因组比对，翻译成蛋白质比对、点阵图
比对结果峰图显示
比对结果序列显示
从头拼接、Map到参考序列
序列质量过滤
查看contig
编辑contig
分析拼接和比对查找多态位点、SNP、计算和比较表达量建树
对树进行美化
引物设计
可以设计引物、克隆引物、遗传分析用的大量引物、批量设计引物、
查找限制性酶切位点、CRISPR位点查找等等功能
